Craig Schwartz je nadareni njujorški lutkar na rubu živaca. Jedva preživljava, a njegov brak s Lotte, radoholičarkom zaposlenom u prodavaonici kućnih ljubimaca, postao je stvar navike... Oni su bez novca, bez strasti i bez mogućnosti bijega od takvoga života. Nemajući izbora, Craig se zaposli kao službenik u jednoj doista "maloj" tvrtki smještenoj na sedmom i pol katu poslovne zgrade na Manhattanu. Tamo upozna lijepu Maxine koja mu postane prava opsesija. Za Craiga, Maxine je predmet požude, žena kakvu je čekao i kakvu može voljeti. Maxime, međutim, ne želi čuti za njega. Utučen i odbačen, Craig se povuče u svoj ured i preda dosadnom poslu. U trenutku očaja, naglo zalupi ladicom i jedan mu spis klizne iza ormara. Nakon što je pomaknuo ormar, otkrije mala vrata iza kojih se krije prolaz. Oprezno se popne u nj, a tada ga neka sila uvuče u mračan i vlažan tunel. Nakon bljeska jake svjetlosti, Craig shvati da je otkrio vrata koja vode do jedinstvenog osjećaja kako je to biti - John Malkovich. On je postao John Malkovich, a to je tek početak...