Grupa angažiranih egiptologa navela je tamošnju vladu da 1835. osnuje Službu za stari Egipat te pokuša formirati prvu zbirku antičkih predmeta, koji su dotad nekontrolirano iznošeni iz zemlje. No, tek će Francuz Auguste Mariette (1821. – 1881.), koji je obavljao iskapanja na čak 35 lokacija i koji je tada bio načelnik za najvažnija arheološka istraživanja, uspjeti uvjeritivladu da osnuje muzej u kojem će biti smješteni dotad pronađeni predmeti iz nasljeđa stanovnika doline Nila. Muzej je 1858. osnovao Abbas Hilmi, koji je tada bio egipatski khedive, na središnjem trgu Midan el-Tahrir u srcu grada, u Četvrti Bulaq. Zdanje je projektirao francuski arhitekt Marcel Dougnon u neoklasicističkom stilu, a muzej je otvoren 15. studenoga 1902. U središnjem atriju, mjestu na kojem egipatska umjetnost doseže svoj vrhunac, smješteni su najveći kipovi: impozantne kamene statue faraona Amenofisa III. i njegove supruge Teje te gigantska statua Ramzesa II.
Mariette, najveći pobornik muzeja, nije uspio vidjeti ostvarenje svojeg sna, ali mu je egipatska vlada u dvorištu muzeja posvetila mauzolej i brončani kip oko kojeg se nalazi niz bista drugih zaslužnih arheologa, egipatskih i inozemnih.